内部审计对高校财务内控制度的实施和运行起着重要的作用。内部审计作为对内控制度的控制措施，既是内控制度的重要环节，也是确保内控制度有效执行的监控手段。针对高校财务内控制度建立不够完善,执行不力的现象，高校内部审计需要开展和加强内部管理和控制制度的审计，审查各项财务内控制度是否建立健全完善，内控制度实施是否到位，并通过深入分析、评价和衡量内控制度体系的建立程度和有效性，寻找内控制度的薄弱环节，提出合理化管理建议，改进控制系统的薄弱环节，以防范和化解各种风险因素。
监督财务预算的管理与执行，促进财务预算有效进行
大多数高校目前财务预算编制采用的是基数增长法，这种编制方法还是不够科学，缺乏必要的论证和调研，容易造成预算目标与实际不符。有的高校对预算执行把关不严，不合规的预算调整、经费追加时有发生，加之预算执行监控机制不完善，对预算执行情况、进度不能进行实时动态跟踪、分析并制定相应的改进措施，往往导致预算实际执行情况与预算编制出现脱离现象。高校内部审计通过全过程参与到财务预算管理中，对财务预算的执行进行全方位监督，对财务预算的合理性、科学性做出系统的全面的审计评价。这既有利于财务工作透明度的增加，也有利于保证预算管理进行的有效性。审计部门首先要从预算的编制入手，检查预算编制的程序是否合法，预算编制的范围是否全面，检查预算是否逐层逐级编制，审计预算编制内容有无充分依据，预算项目合理与否，有无重复与遗漏，预算数据的测算是否合理可靠。对预算执行情况的审计，可以通过对财务系统中各项预算指标的控制，跟踪检查具体项目的执行情况。对超预算的项目要进行重点检查，审查是否有完备合规的审批手续，分析超支的必要性以及超支的真实原因。对远低于预算数的支出项目，检查其预算编制的合理性与科学性。
规范科研经费的管理，提高科研经费的使用效益
科研课题的数量与经费额度是高校科研实力和学术水平的重要标志，是高校对科研人员或者教师工作业绩评价的重要指标，也是高校收入来源的重要组成部分。各高校为了提高教学质量，促进学科建设与人才培养，提升综合竞争能力，越来越重视科研活动的开展。近几年高校承担的科研项目数量和筹集的科研经费总额较以往均有大幅度的增长。但许多高校只重视资金的来源，而忽略了对科研经费使用规范性的管理。在科研经费的使用上，有的高校没有严格遵守国家和高校的财务制度和规定,出现一些违规现象。比如，有些科研人员将个人或家庭生活开支列为科研费用，用与科研项目无关的票据报销套取科研经费，虚列领款清单开支大量劳务费，科研课题虽然已经结题，但没有及时结账等等。内部审计部门要发挥应有的监督和评价职能，对科研项目资金的使用情况进行全面审计，结合本校实际情况，有选择、有重点地组织科研经费的结题审计，特别对国家投入较大的专项资金项目、国家自然科学基金等进行重点跟踪审计。高校内部审计主要审查科研经费内部管理制度是否健全，科研项目的合同管理是否规范，学校科研、财务等部门及科研项目负责人在经费管理使用中的权限是否明确，是否把科研经费纳入学校财务部门统一管理、单独核算、专款专用，是否违反规定转拨、转移科研经费等情况；审查项目管理费、人员经费、业务费等有关支出是否超出规定比例或合理水平，是否存在截留、挤占、挪用科研经费等情况；审查是否存在自筹经费或配套经费不到位、科研项目结题不结账等其他有关情况。审计报告要如实揭示科研项目在资金管理使用方面存在的问题，并向相关部门提出解决方案，关注改进情况，确保科研经费使用的合理合规性，实现预期的效果，不断提高资金使用效益，促进高校廉政建设。
提高校领导风险防范意识，加强风险管理水平
近年来高校办学规模不断扩大，许多高校都面临资金紧张的局面。面对资金的缺口，高校仅靠财政拨款往往难以满足需要，开始依赖于银行信贷。作为高校资金重要来源之一的银行贷款，其性质大大不同于财政拨款和事业收入。银行贷款所取得的债务资本具有使用上的时间性和有偿性，需要到期偿还本金和支付利息，还本付息必然成为高校的一项债务负担。从这个角度分析，银行贷款虽然短期内缓解了经费紧张的局面，拓宽了资金筹资渠道，但高校也因此背上较大的财务负担，财务风险凸显。随着的理财环境的不断变化，经济风险有所增加，高校管理者面临的财务风险加大，如何加强风险管理客观上已成为高校管理者必须正视的问题。高校应建立健全有效的风险管理体系，分析各种风险因素，确保高校具有较好的风险管理过程并能有效发挥作用。内审人员应明确自己相关的作用与职责，确定风险领域，评价风险管控程序的有效性，检查风险管理过程的效果，帮助校领导提高风险防范意识和风险管理水平。内部审计部门可通过对学校整体负债承受程度、贷款的偿还能力进行分析性审计，提出合理化审计建议，以帮助学校规避风险，保障学校经济正常运行。
促进和加强资产管理，保证财产的安全完整
目前，许多高校普遍存在仪器设备等固定资产重复购置、购入资产闲置、设备不能共享、使用效率低下等现象。有的高校固定资产财务管理存在账实不符、有账无物和有物无账等情况，报废的固定资产不履行资产的处置审批程序，不作报废核销手续，教学实验材料等低耗品采购分散，库存管理缺乏科学性。高校应通过内部审计加强对资产管理方面经济活动的检查与分析，提出合理的改进意见，及时查缺堵漏，制止不合理事项的发生，防范资产的流失。内审部门可通过开展专项审计，从审计基本的复核、查漏、检查等基础工作做起，促进改善固定资产账实不符的现象。通过专项审计，发现学校在资产管理方面存在的问题，并向相关部门及时提出对策和措施，通过检查改进措施的落实情况，促进提高资产管理水平，保护高校财产的安全完整。
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