职能部分进手审计是将职能部分的业务记录和财务部分相应的记录相互印证、核对，从而获取审计证据的一种审计。这种审计方法以组织治理系统为基础，把企业治理体系中职能部分的工作与会计部分的工作有机地结合起来。职能部分进手审计法同账簿进手的审计法相比，克服了对会计报表完整性难以证实的弊端；同内部控制制度进手的审计法相比，具有操纵简单，结论可靠的优越性。笔者通过审计实践熟悉到，职能部分进手审计法，有其存在的基础，实务操纵可行，是会计报表审计的一种新方法。
一、职能部分进手审计法的理论基础
企业按职能设置组织机构是企业经营及其组织治理体系的客观要求。企业是以盈利为目的的组织，财富最大化是企业治理的目标。企业同时又是一开放性的系统，提供所需的商品和劳务，向社会采购所需的生产资料，向政府交纳税金，并为满足财富最大化目标向社会投资、融资，进行资本化经营。
职能部分根据企业类型、规模、经营特点设置，体现了分工原则，有利于进步效率，但按职能设置组织机构也有其缺点：职能部分之间存在着“界限”，相互之间沟通有一定困难，很难做到协调配合；重视本部分的利益和目标，对企业的整体利益和目标的重要性熟悉不足。会计部分的基本职能是反映，即通过会计核算，提供经济信息。会计核算程序的特点，决定了会计所反映的经济信息主要来源于其他职能部分，它更加需要和其他职能部分的沟通，需要其他部分的配合。
固然会计报表反映了企业的经济信息，但在企业内部，经济信息还可从其他职能部分获得，且董事会或企业治理层往往更注重从其他部分获得所需经济信息，这是由于其他职能部分提供的信息更专业、更原始、更可靠，而经过会计加工的信息可靠性相对较弱。职能部分进手审计法顺应企业经营治理的要求，从会计核算的前道工序，即经济信息的源头上开始，得到第一手的、更加真实和完整的经济信息，并通过和会计报表相互核对、纠偏，获得可信的经济信息。
职能部分进手审计法账户进手审计法和内部控制制度进手审计法一样，都有其理论基础。账户进手审计法的理论基础是建立在相信财会部分工作职员的专业水平。敬业精神、会计记录的基础上；内部控制制度进手审计法的理论基础是建立在企业内部控制制度健全有效，内部控制主体有能力且诚信的基础上；职能部分进手审计法的理论基础是相信企业设置的职能部分，能够满足企业治理的需要，相信职能部分工作职员的专业能力、职业道德。职能部分的职员由专业职员或有经验的职员组成，企业经济核算要求职能部分必须提供经济信息的基础资料（即有关经济业务猜测、实施、记录等资料）。这些资料是最原始的资料，专业性更强，证据上更为可靠。
职能部分进手审计法能够有效发现故意舞弊行为，由于故意舞弊的参与人越多，作弊就越困难，而职能部分进手审计法则正是利用多个部分的业务记录，来验证会计报表项目的真实性。正当性，从而充分发现被审计单位的舞弊行为，最大限度地降低审计风险。
二、账簿基础审计法和制度基础审计法局限性
（－）账簿基础审计法的主要目标是会计报表的真实性，难以实现会计报表的完整性审计目标
会计报表的真实性和完整性是会计报表信息质量最基本的要求，也是会计报表审计要达到的审计目标。会计报表的真实性是指会计报表上所列示的必须是会计主体确实已经发生的、真实经济业务的反映。会计报表的完整性是指会计主体事实上已经发生的经济事项，按照客观性原则，必须全面地在会计报表上进行反映。
账簿基础审计法，是以反映经济业务的会计报表、账簿、凭证等会计资料为基础，规划和实施审计的方法。它具体运用这种审计方法团依据的是原始凭证，评价的是会计报表，审计过程基本上没有脱离财务会计部分，只要原始凭证、会计处理方法无误，即可作出会计报表是真实的结论。而对那些已经发生的、没有进行会计核算、没有会计记录的经济业务，则无法进行审计，因而对会计报表是否完整就无法判定。
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