事业单位的内部控制就是指在事业单位内部制定一些规章制度，对事业单位的内部管理、配合与协调工作加以规范，从而实施合理、科学的决策，提升各部门工作效率，提升单位的整体经济效益等。
在事业单位实行内部控制管理，有利于各部门绩效考核与内部监督的流程标准化，不断提高各部门的工作效率与内部管理水平，保障各项规章制度积极有力的执行，促使事业单位的科学、规范发展，增强其履行职能的能力，提供更加优质、高效的服务。
二、事业单位内部控制管理存在的问题
（一）对内部控制的重要性认识不足
我国事业单位内部控制管理比较缺失，管理相对粗放。更有部分单位认为内部控制与财务管理并无差异，忽视内部控制的重要性。由于工作人员多从事理论性或专业性较强的研发工作，因而单位往往依靠工作人员主观性的自觉去约束自己的行为。对每部控制的重要性认识不足，由此造成内部控制的疏漏。
（二）内部控制管理制度不完善
事业单位中内部控制的主要手段是制定一系列的规章制度来规范和约束相关岗位工作人员的日常行为，加强各部门人员之间工作的协调与配合，科学合理的调配内部工作，从而提高事业单位的经营管理效率。大部分单位由于缺乏内部控制建设的动力或条件，基本上停留在形式层面，未作出实质性的成绩。据有关调查研究结果表明，我国事业单位目前大多仍然没有自己的内部控制管理机制，自身管理机制僵化，而且不健全、不完善，按照党政机关的管理体系和规章制度，对内部控制管理制度不重视，更没有形成完整的制度体系。
（三）内控管理全面性差
通过以上分析，事业单位工作人员及管理者对内部控制和管理缺乏应有的认识，对内部控制管理体系的建设更是没有引起足够的重视，甚至将内部控制与财务管理等同看待，这就造成了事业单位内部控制管理的片面性，不能切实发挥内部控制管理应有的作用；而忽视内部控制的其他方面，甚至用来应付上级检查，也就使得内部控制管理流于形式。
（四）缺乏有效的监督和评价机制
由于我国党政机关内部控制管理制度相对缺失，目前我国事业单位权责划分不明确，人力资源管理制度不健全，而对内部控制管理的不认识、不重视，又造成了单位缺乏应有的监督和评价机制。行政事业单位内部控制缺乏独立有效的评价、监督和责罚体系，不利于内控的有效推进，直接影响单位内控的实施效果。
三、加强事业单位内部控制管理的措施及建议
（一）提高对内部控制建设重要性的认识
对于事业单位，影响内部控制管理的环境因素主要包括事业单位的组织架构以及岗位设置、人力资源管理、责任管理等几方面内容。在事业单位的组织机构及岗位设置管理上，关键是强化对权力运行的监督制约，应该按照现阶段事业单位管理体制改革的相关要求，对事业单位内部的决策与执行管理机制进行必要的优化，构建具有内部相互制约以及监督特征的权力运行体系。在人力资源管理方面，重点是强化事业单位内部人员的内控意识与风险意识，确保各项内部控制管理制度得到有效的执行。在责任管理方面，应该落实岗位责任管理，加大问责管理的力度，确保各项管理措施真正得到有效的贯彻执行。
（二）建立与单位实际相结合的内部控制制度体系
事业单位实行内部控制制度能够有利于各部门梳理职权，界定与划分各部门岗位职责与权限，完善各机关的管理制度及业务工作范围与流程。事业单位要根据自身特点进行分析，制定出一套完整的、符合本单位实际情况的内部控制管理体系，该体系应以经济业务为核心，从决策管理、机构设置、职能划分、内部核算、人力资源等多个角度进行全面综合考虑，来健全事业单位的内部控制体系。
（三）注重内部控制建设的全面性
在很多事业单位工作人员甚至管理者看来，内部管理等同于财务管理。然而内部财务管理虽然是内部管理控制的重要内容，但并不是全部，组织结构建设、工作人员管理与培训以及内部审计都是事业单位内控管理的重点工作。因而，要想做好内部控制管理，必须要注重内部控制体系建设的全面性，将财务管理与其他方面工作联系起来，形成完整、完善、科学的内部控制管理体系。要想实现这一点，事业单位内部控制管理要树立切实可行的管理目标，细化管理流程，才能将内部控制落到实处。
（四）建立单位层面监督机制
没有监管就没有成效，事业单位内部控制管理必须要有内部监督，否则再完善的管理体系也是空谈。内部控制的内部监督以内部环境为基础，通过自上而下的信息和沟通来实现内部控制体系正常运作。应明确各个岗位之间的权责，只有责任明确，才能做到权责一体，明确不同部门之间的工作、业务、权责，实现事业单位内部各个部门各司其职又协调统一，从而实现单位工作的高效工作。
四、结束语
总之，作为事业单位管理的重要环节及经营运作的主要手段，内部控制管理在事业单位发展中具有至关重要的作用。内部控制涉及到事业单位经营管理的方方面面，行政事业单位要创新内部控制管理理念，重视内部控制制度的健全和人才队伍的完善，采取科学的管理手段，促进事业单位经营活动平稳、有序的展开。
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